Á Austurlandi hófst söfnun gamalla muna árið 1942 og safnið sjálft var stofnað ári síðar að frumkvæði Gunnars Gunnarssonar rithöfundar. Í fyrstu voru safnmunir í geymslum á Hallormsstað en árið 1945 bauðst Gunnar til að leggja til húsnæði á heimili sínu, Skriðuklaustri. Fyrstu árin var safnið eingöngu opið almenningi yfir sumartímann. Árið 1966 var safninu lokað vegna húsnæðisskorts og ekki opnað aftur fyrr en 1996 í núverandi húsnæði, Safnahúsinu á Egilsstöðum.
Á safninu eru tvær grunnsýningar, annars vegar sýningin Sjálfbær eining og hins vegar Hreindýrin á Austurlandi. Auk þess eru reglulegar sérsýningar í gangi. Fræðsla og skólaheimsóknir skipa stóran sess í safnastarfinu og samstarf Kennarans og Minjasafn Austurlands er liður í því að efla fræðslustarfið ennfrekar og útbúa námsefnispakka fyrir hvern árgang grunnskólans.
Námsefnið er í vinnslu og stefnt er að því að ljúka við alla námsefnispakka vorið 2019.